Начальник ГУ ДФС в Одеській області – Мілютін Глеб Володимирович:
1. Управління організації роботи;
2. Управління по роботі з персоналом;
3. Управління моніторингу доходів та обліково-звітних систем;
4. Юридичне управління;
5. Відділ охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;
6. Відділ з питань запобігання та виявлення корупції;
7. Відділ комунікацій;
8. Південне управління у м. Одесі;
9. Північне управління у м. Одесі;
10. Ізмаїльське управління;
11. Чорноморське управління;
12. Южненське управління;
13. Подільське управління.
Перший заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Гулакова Наталя Леонідівна:
1. Управління податків і зборів з юридичних осіб;
2. Управління обслуговування платників.
Перший заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Піпко Юрій Валерійович:
1. Оперативне управління;
2. Слідче управління фінансових розслідувань.
Заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Попов Володимир Григорович:
1. Управління податків і зборів з фізичних осіб;
2. Управління контролю за обігом та оподаткуванням підакцизних товарів.
Здійснює взаємодію з органами місцевого самоврядування та відповідає за виконання місцевих бюджетів.
Заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Бондаренко Анатолій Борисович:
1. Управління аудиту;
2. Управління погашення боргу.
Заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Політило Валерій Ярославович:
1. Управління матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;
2. Управління фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;
3. Управління боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом.
Заступник начальника ГУ ДФС в Одеській області – Мусієнко Олена Сергіївна:
1. Управління інформаційних технологій;
2. Одеська обласна організація Всеукраїнської професійної спілки працівників органів державної фіскальної служби;
3. Філія ДП «Сервісно-видавничий центр» в Одеській області;
4. ПОГ «Управління по експлуатації та обслуговуванню адміністративних будівель».